Le imprese potranno aprire tre tipi di pratiche, che corrispondono a tre tipi di procedimenti previsti dalla legge:

1) Procedimento semplificato: da applicare nei casi in cui non è prevista l'autocertificazione (impianti produttivi ad alto rischio) o quando l'utente non intende avvalersi dell'autocertificazione. L'iter prevede che le amministrazioni coinvolte nel procedimento unico facciano pervenire gli atti istruttori e i pareri entro un termine non superiore ai 90 giorni (aumentato a 120 giorni con possibili proroghe non superiori ai 60 giorni per quelle attività produttive da sottoporre a valutazione di impatto ambientale) decorrenti dal ricevimento della documentazione, trascorsi i quali la "conferenza dei servizi" deve riunirsi e rispondere all'utente.

2) Procedimento mediante autocertificazione: è un'alternativa più rapida rispetto alla procedura semplificata, in quanto l'utente si avvale della autocertificazione. L'iter massimo per questo procedimento è di 60 giorni (45 giorni per gli impianti a struttura semplice), trascorsi i quali l'utente può iniziare i lavori essendo inteso il silenzio assenso.

3) Procedura di collaudo: per rilasciare il "certificato positivo di collaudo", che consente comunque di iniziare l'attività produttiva in attesa del rilascio di ogni altro atto amministrativo richiesto (certificato di agibilità, nulla osta all'esercizio di una nuova produzione, ecc.). Il collaudo va effettuato entro 60 giorni dalla presentazione della relativa richiesta.

Il Procedimento Semplificato
E' disciplinato dagli articoli 4 e 5 del regolamento (DPR 440/2000).

Presentazione della domanda
Questa procedura va utilizzata per impianti produttivi o attività per le quali non è consentita l'autocertificazione o comunque quando l'utente non voglia avvalersi dell'autocertificazione.

Il procedimento è unico e inizia con la presentazione di una domanda da parte dell'utente. La struttura dello SUAP adotta direttamente, ovvero chiede ad ogni amministrazione competente "gli atti autorizzatori o di consenso, comunque denominati, quest'ultime sono tenute a far pervenire tali atti e pareri entro un termine non superiore a novanta giorni decorrenti dal ricevimento della documentazione".

Decorsi tali termini e comunque entro i successivi 5 giorni, il responsabile del procedimento può convocare una conferenza dei servizi, che viene resa pubblica. La conferenza esamina la pratica, redige un verbale e deve formulare all'utente una risposta entro il termine massimo di 5 mesi dalla presentazione della domanda (9 mesi per le opere da sottoporre a valutazione di impianto ambientale). In caso che una delle amministrazioni competenti dia parere negativo, questo deve essere trasmesso all'utente entro tre giorni.

Nel caso di progetti da sottoporre a valutazione di impatto ambientale il termine è stabilito in centoventi giorni, con possibile proroga motivata di altri 60 giorni. Qual'ora risultasse l'incompletezza della documentazione fornita, può essere richiesta una sola volta l'integrazione alla struttura entro trenta giorni dalla presentazione della domanda.

Procedimento mediante autocertificazione
E' disciplinato dagli articoli 6, 7 e 8 del regolamento (DPR 440/2000).

Presentazione della domanda
Le imprese dovranno presentare domanda presso lo sportello, accompagnata da una autocertificazione che attesti che l'impianto produttivo è conforme alle varie norme di legge.

Nella domanda le aziende dichiarano che i progetti sono conformi con le disposizioni urbanistiche, con quelle sulla sicurezza degli impianti e sulla tutela sanitaria e ambientale.

La domanda dovrà essere redatta da "professionisti abilitati o da società di professionisti e sottoscritte dai medesimi, unitamente al legale rappresentante dell'impresa".

Iter del procedimento
Il regolamento definisce i tempi e le modalità operative dello Sportello Unico per l'iter della pratica.

I principali punti sono:

1. All'atto della presentazione della domanda lo SUAP, accertata la sussistenza e la regolarità formale delle autocertificazioni prodotte, "la immette immediatamente nell'archivio informatico, dandone notizia tramite adeguate forme di pubblicità; contestualmente la struttura dà inizio al procedimento per il rilascio della concessione edilizia". Copia della domanda, e della documentazione prodotta, viene trasmessa dalla struttura, anche in via informatica, alla regione nel cui territorio è localizzato
l'impianto, agli altri comuni interessati, nonché, per i profili di competenza, ai soggetti competenti per le verifiche. Successivamente la struttura e le altre amministrazioni di cui intenda avvalersi verificano la conformità delle autocertificazioni.

2. Lo SUAP deve verificare la completezza della documentazione entro i primi trenta giorni dalla presentazione della domanda, e in questo termine può richiedere una sola volta all'impresa l'integrazione degli atti e dei documenti. "Decorso il predetto termine non possono essere richiesti altri atti o documenti concernenti fatti risultanti dalla documentazione inviata".
Il termine di 60 giorni di durata complessiva del procedimento "resta sospeso fino alla presentazione degli atti integrativi richiesti".

3. In caso di mancata risposta dell'ufficio, passato il sessantesimo giorno dalla presentazione della domanda, il procedimento è considerato concluso con esito positivo per la formula del silenzio-assenso. Nei casi di impianti a struttura semplice il silenzio assenso scatta dopo 45 giorni dalla presentazione della domanda.

4. Il responsabile del procedimento, in caso ritenga che debbano essere apportate modifiche al progetto, o comunque per ottenere chiarimenti o approfondimenti, può convocare i rappresentanti dell'impresa in un contraddittorio di cui viene steso apposito verbale, che in caso di accordo vincola le parti, "il procedimento resta sospeso fino alla presentazione del progetto modificato conformemente all'accordo".

Dal momento della presentazione della domanda, l'ufficio avrà 60 giorni di tempo complessivi per concludere l'iter del procedimento, e 45 giorni per gli impianti a struttura semplice (secondo la classificazione regionale) per formulare una risposta all'impresa, prima che scatti l'autorizzazione per silenzio assenso. La risposta può essere positiva, negativa con motivazioni, oppure può essere convocata l'audizione per chiedere chiarimenti o modifiche.

La procedura di collaudo
E' disciplinato dall'articolo 9 del regolamento (DPR 440/2000).

La terza procedura che dovrà essere gestita dallo SUAP è la procedura di collaudo, finalizzata al rilascio del "certificato positivo di collaudo", che consente "la messa in funzione degli impianti fino al rilascio definitivo del certificato di agibilità, del nulla osta all'esercizio di nuova produzione e di ogni altro atto amministrativo richiesto". Il collaudo, a cui partecipano tecnici della struttura o personale dipendente da altre amministrazioni, dovrà essere effettuato tra il ventesimo e il sessantesimo giorno, dalla presentazione della relativa richiesta da parte dell'utente, decorso tale termine, può avere luogo a cura dell'impresa che ne comunica le risultanze alla competente struttura. In caso di esito positivo l'impresa può iniziare l'attività produttiva.

Il collaudo effettuato dall'impresa non esonera le amministrazioni competenti dalle proprie funzioni di controllo e vigilanza, che possono essere esercitate anche successivamente al deposito di tale certificato.